Durant les années de guerre, Fondane travaillait à une vaste étude restée inachevée : L'Etre et la connaissance, consacrée à Chestov, Lévy-Bruhl et Lupasco. Seuls des fragments ont été publiés après sa mort.

Lupasco, le physicien philosophe, tentait de substituer à la logique aristotélicienne une logique de la contradiction. Fondane fut l'un des premiers à comprendre l'importance des travaux de Lupasco, avec qui il ne cessa de discuter durant l'Occupation. Dans une éclairante introduction, Michaël Finkenthal, qui est lui-même  physicien et philosophe, s'interroge sur le dialogue entre les deux hommes  et sur son prolongement après la mort de Fondane.