Publié en 1936, La Conscience malheureuse réunit une série d'articles qui avaient paru dans diverses revues et qui subirent d'importantes modifications au moment où ils furent repris en volume. Ces essais consacrés à Nietzsche, à Gide, à Husserl, à Bergson, à Freud, à Kierkegaard, à Heidegger, à Chestov, furent perçus à l'époque comme novateurs (l'édition de 1936 fut rapidement épuisée). L'on est frappé par le caractère précurseur de cet ouvrage, par la lucidité de l'auteur. (Ne fut-il pas d'ailleurs l'un des premiers à voir clair en Céline et en Heidegger, à saluer l'importance des travaux de Bachelard et de Lupasco ?)

Pour Fondane, la philosophie n'est pas "quelque chose comme un vérificateur des poids et des mesures", mais "l'acte même par lequel l'existant pose sa propre existence, l'acte même du vivant, cherchant en lui et hors de lui, avec ou contre les évidences, les possibilités mêmes du vivre." Il prône la mobilisation de l'individu contre un réel hostile. "Tant que la réalité sera telle qu'elle est, de manière ou d'autre, - par le poème, par le cri, par la foi ou par le suicide – l'homme témoignera de son irrésignation, dût cette irrésignation être – ou paraître – absurdité ou folie. " Avec Chestov, Fondane voulait remplacer le réel de la philosophie du "je sais" par celui du monde "où l'Etre lui-même est durée, vie, mobilité, acte". Remplacer une philosophie où le problème central était celui du Savoir par un autre, où le Savoir devenait un problème.

Cet ouvrage a été réédité en 2013 aux éditions Verdier.